杭州师范大学临床医学院前身是浙江医科大学杭州分校临床医学系，建立于1979年。1993年更名为杭州医学高等专科学校临床医学部，2001年升格为杭州师范大学医学院临床医学系，2004年成立杭州师范大学临床医学院。现任院长为浙江省人大常委、全国五一奖章获得者、博士生导师吴正虎教授。